淮河流域地处我国南北气候过渡地带，气候变化复杂，降雨时空分布不均。流域内众多支流多为扇形网状水系结构，洪水集流迅速。古淮河曾经是山秋区植被良好，平原区沟洫体系完整，排水通畅的独流入海河道。12世纪以前，流域洪涝灾害记载较少。但随着人类历史经济活动的发展，自然地理的变化，改变了自然生态平衡，河系历经变迁，洪涝灾害不断发生。特别是1194年黄河侵淮、夺淮入海长达近800年的漫长历史，加上战争的破坏，更使淮河洪涝灾害频繁。
据历史文献记载统计，从14世纪到19世纪的500年里，淮河流域发生较大水灾350次，不足两年一次。黄河夺淮初期的12、13世纪，平均每百年发生水灾35次；14、15世纪每百年水灾75次；16世纪至中华人民共和国初期的450年里每百年平均发生水灾94次。洪涝灾害越来越严重。特别是中华人民共和国建立前的50年中，流域洪涝灾害更为严重。新中国成立后的1950、1954、1957、1975和等年份发生较大洪涝灾害，约10年左右发生一次。历史时期令人瞩目的有1593年流域性大洪水、1730年沂沭泗大洪水。本世纪以来，有1921、1931、1954、1991年流域性大洪水和1968年淮河干流上游、1969年淮南史淠河、1957年沂沭泗、1975年洪汝河、沙颍河大洪水等灾害。
淮河上游干流及其南部山区，河道坡度大，汇流时间短，洪峰水位高，历时短。当淮北支流洪水，泄洪入淮河干流时，与淮河上游干流及其淮南山区洪水遭遇，而在淮河干流形成特大洪水。古代历史上《史记》中有“荡荡洪水滔天，浩浩怀山襄陵”的记载。据历史洪水调查资料表明，襄城1612年洪水，推算流量5060立方米每秒，1632年洪水流量为5160立方米每秒。史志资料中，从灾情描述上统计：清朝前特大洪水21次，清朝特大洪水3次，民国时期以1931年洪水最大。
淮河中游历史上洪水频繁，大别山区的淠、史河上游洪水，频率较高，特大洪水的1850年，淠河东源白莲崖、磨子潭、佛子岭最大流量分别为7800、8840、12900立方米每秒。该年洪水为淠河历史最大洪水。淮北支流中上游平原地区洪水多系黄泛洪水。历史上淮河中游洪灾多在城市洪水记述中反映。
淮河下游地区是淮河流域洪涝重灾区之一。据统计每年7～9月份往往出现洪、涝、潮、台多灾并发。黄河夺淮期间黄河洪水更加重了这一地区的洪涝灾害。历史记载从10～20世纪上半叶，每世纪平均水涝22～25次，洪涝灾害多发地区为宝应、东台、兴化、阜宁等地。
清初归海坝建成后，每次淮河大水开坝后里下河都是一片汪洋。《冬生草堂诗录?避水词》中描述里下河水灾悲惨情况“一夜飞符开五坝，朝上屋顶已牵船。田舍漂沉已可哀，中流往往见残骸”。据统计，1796～1850年的54年中有28年开归海坝93次，平均两年有一年开坝；1850～1938年的88年中有19年开坝39次，平均四年有一年开坝。新中国成立以前，淮河洪水决溢时，苏北高宝胡、里下河地区长期处于水患之中，里下河实际成为滞蓄洪区。此外，这一地区还受沿海风暴潮的威胁。1939年8月海啸突袭沿海大喇叭口、双洋（现射阳县境内）一带，引起的潮灾也十分突出当年海潮内侵，卷走13000多人，溺死海中。
淮河流域沂沭泗水系，历史上洪涝灾害频繁。1～19世纪，大小洪灾及久雨涝灾120次。由于沂沭泗地理特点洪涝情况不同，在120次中，南四湖湖西区52次；南四湖湖东区29次；沂沭泗河区39次。
据历史资料记载，1593年淮河全流域及1730年沂沭泗水系发生近500年来最大的洪水。
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